本校透過第一期高教深耕計畫，推動大學特色自主，建立「食藥粧安」、「創新加值」、「循環經濟」及「智慧健康」之發展特色。在第二期計畫，本校因應社會趨勢變化創新轉型，檢視自身定位及利基，精進高等教育品質，推動「教學創新、跨域學習」教學特色，以培育「樂活創新跨域服務產業」專業人才為目標，並列入校務發展重點工作。本校配合政府五+二創新產業政策，整合學院師生能量投入「藥食粧安技術」、「智慧健康生活」、「環境資源永續」等產業的創新加值，針對六大核心戰略產業之民生及戰備與資安卓越再精進進化，服膺「技術及職業教育政策綱領」，環扣SDGs精神，積極構築優質完善之教學與研究環境。
延續第一期計畫之推動主軸「深耕健康關懷、跨域創新樂活」，並鏈結本校「健康、關懷、精緻、卓越」之辦學理念，第二期高教深耕計畫本校以學生學習為主軸，教師教學為核心。在教學創新精進及提升高教公共性面向，推動教師教學創新、提供學生學習輔導及輔助、建構永續校園及友善學習環境，藉以培養學生關鍵基礎能力、跨域整合能力及就業能力；在善盡社會責任面向，本校深耕台南、高雄投入社會責任，師生參與地方創生，提升在地產業、人才培育、偏鄉教育、社區營造，讓人與土地共好共存；在產學合作連結面向，本校積極提升「藥食粧安」、「智慧健康」及「資源永續」研發主軸，整合產官學研資源，強化企業產學合作，將學習、教學及產學循環串連，推動「樂活創新跨域服務產業」人才培育。
(一)教學創新精進面向推動重點
在教學創新精進面向，除延續第一期之作法，持續提升學生專業實務技術能力、推動創新教學及創新創意課程、培育學生跨域學習能力、強化中文閱讀及英語基礎能力，以及提升教師實務經驗與聘任專業技術教師之外；在第二期計畫本校將引導院、系進行課程調整，以創新教學模式因應素養導向學習型態，培育學生面對未來之關鍵能力，並打造數位轉型系統強化校園韌性，呼應SDGs4/5，主要重點作法包含「開設他系第二專長跨域學程」、「運用UCAN及畢業生流向調查結果改進課程」、「鼓勵教師發展素養型導向教材調整課程大綱」、「結合設計思考教學模式促發學生自主學習」、「推動STEM課程及數位科技微學程」、「開設ESP及EMI課程」、「建構SDGs數位教學資源」以及「強化資訊教學環境」。
(二)善盡社會責任面向推動重點
在善盡社會責任面向，以本校鄰近鄉鎮區及地方創生優先推動地區，作為實踐大學社會責任的出發點，同時考量本校「樂活創新服務」綜合型大學之發展特色，及USR 輔導量能，引導關鍵議題環扣聯合國永續發展目標 (SDG)和ESG指標，據以整合相關知識與技術資源，協助組成USR團隊；並在既有的產學合作基礎上，強化區域產學鏈結，聚焦在地需求，具體回應議題，提出解決或輔導方案，藉以培育樂活人才、促進銀髮健康、活化地方發展、實踐在地創生。本校109年將USR推動精神納入校務發展重點工作，112年將USR Hub納入校務組織，113年起每年出版大學社會責任年報。本校結合學校教研能量及社會資源，促進人與土地共好共存，發揮CSR×USR協同效應。
(三)產學合作連結面向推動重點
本校發揮技職教育務實致用特色，藉由本校食藥粧分析檢測中心、智慧健康產業技術研發人才培育中心、職業健康與環境檢測中心、環境產學合作中心與台灣溫泉研究發展中心等一級中心，以及相關研究及教學中心，投入「藥食粧安」、「智慧健康」、「資源永續」等產業的創新加值，鼓勵教師發揮研發能量，與醫院、事業機構及學術研究機構進行策略聯盟，並與核心技術廠商進行產學合作。本校第二期計畫在產學合作連結面向，呼應SDGs8/9，推動重點包括「組成師生創新創業團隊」、「產品原型商品化」、「推動產學合作專班」、「加值實務技術能力」、「專利技術移轉」、「分析檢測服務」、「設立智慧健康O2O展示區」以及「推動ESG環境永續評估」。
(四)提升高教公共性面向推動重點
在提升高教公共性面向，本校呼應SDGs1/10之精神，透過提升獎助學金規模、助學專款提撥、校友募款等，提供學生就學輔導；針對經濟與文化不利學生推動學習輔導機制，協助就學穩定度。並以校務專業管理制度強化自我課責並公開辦學相關資訊。本校校內各項重要會議辦法，均已明定學生代表參與各項校務發展會議。此外，本校將以「原鄉資源永續發展」推動「青年返鄉」達成「部落創生」為目標，透過「全民原教」、「單位合作」、「前店後廠」之策略作法，串聯產官學與部落之共好鏈結，培育部落特色人才推動青年返鄉服務。
(五)推動校務研究落實本校高教深耕計畫執行成效
本校於第二期計畫，將運用校務研究(Institutional Research, IR)機制，落實於四大面向共13項指標之追蹤與檢討。首先，系統化蒐集各項質、量化資料，藉由計量經濟之相關研究方法分析執行成效，將分析結果如實呈現計畫推動前、後產生之提升或改變情形，進而反映指標之績效，並檢討不足之處。例如運用畢業生流向調查之橫斷面跨時資料(panel data)，分析跨域學習對學生就業薪資、工作滿意度之成效，以及學生就業行業別與所學相關性是否吻合；運用第三方認證中文測驗前後測資料，分析學生中文閱讀寫作之實質學習成效等。